Існують дві версії місця побудови
церкви Миколи. Згідно з першою в часи протекторату над цими землями
турків вона була єпископською церквою і знаходилась в центрі міста, а
потім була перенесена на теперішнє місце. Друга стверджує, що церква
стояла на цьому місці з часів її побудови в 1607 р.
Храм зазнає перебудов у XVIII та XIX
ст. В наслідок останньої бабинець набуває дещо нетрадиційної видовженої
п'ятигранної форми (довжину збільшено на 2,5 метри) та втрачає
первісний пірамідальний верх. Ймовірно, тоді ж добудовано ризнецю.
Реставрації проведені в 1954 р. та після пожежі 1992 р., коли згоріла значна частина будівлі.
Після відновлення у освяченому в 1996 р. храмі проводить богослужіння православна громада Чернівців.